Еще одним фактором, способным вывести биофильтр из строя, может быть колебание гидравлической нагрузки, хотя средние и максимальные значения этой величины не выходят за пределы проектных.

Дело в том, что существует нижний предел гидравлической нагрузки, равный 0,8 м3/м2 в сутки, обеспечивающий своевременный смыв отработанной биопленки. Если в течение суток гидравлическая нагрузка находится ниже указанного предела, происходит постепенное накопление отработанной биопленки на поверхности загрузочного материала, так как в период, когда она не смывается, сточная жидкость с органическими загрязнениями орошает биопленку, пленка прирастает, утолщается и в ней растет анаэробный слой.

Удерживающая способность загрузки при этом мало уменьшается, но проникновение кислорода в толщу биопленки практически отсутствует, в связи, с чем возникают анаэробные зоны.

Газы, выделяющиеся вследствие анаэробных процессов, способствуют отторжению биопленки, но это происходит неравномерно в объеме загрузки, и отторгается неокисленная масса органических веществ, плохо оседающая во вторичных отстойниках и нарушающая тем самым общий эффект очистки сточных вод.

Неравномерное отторжение отработанной (в данном случае, неотработанной) биопленки нарушает режим аэрации объема загрузки и приводит в результате к появлению заросших участков, струйности в отдельных местах и заболачиванию поверхности. Хотя биофильтр в таких условиях и будет функционировать, заданного эффекта очистки достигнуть трудно.