При обслуживании капельных биофильтров прежде всего необходимо следить за колебаниями концентраций загрязнений в сточной жидкости, прошедшей механическую очистку. Рекомендуемое предельное содержание взвешенных веществ до 100 мг/л в сточной жидкости, поступающей на капельные биофильтры, имеет большое значение, так как при его превышении (даже до 2 недель) заиление загрузки капельного биофильтра неминуемо.

Процесс прочистки засоренного биофильтра является настолько трудоемким и дорогим, что выгоднее вообще заменить загрузку. Поэтому при превышении концентрации взвешенных веществ в сточной жидкости более 100 мг/л, поступающей на капельные биофильтры, следует тщательным образом отрегулировать работу первичных отстойников, в частности двухъярусных, или осветлителей-перегнивателей, которые, как правило, применяются в комплексах с биофильтрами.

Если перегрузка очень велика или первичные отстойники настолько запущены, что не удается быстро добиться необходимого качества осветленной сточной жидкости, рекомендуется вообще отключить биофильтры.

В этом случае осветленную воду направляют через вторичные отстойники и контактные резервуары (если они есть) обеззараживая ее дозой хлора, соответствующей фактической измеренной хлороемкости сточной жидкости.

Только после доведения качества осветленной сточной воды до содержания в ней взвешенных веществ не выше нормы можно вновь пустить в работу биофильтры с постепенным увеличением нагрузки на них.